Do đó, Tây Ban Nha đã cho thấy họ không thể mở rộng quyền điều hành lên những khu vực sâu trong đất liền cho tới năm 1934. Khi tiến gần đến độc lập vào năm 1956, Maroc đã tuyên bố Sahara thuộc Tây Ban Nha là một phần của lãnh thổ trước thuộc địa của họ, và vào năm 1957, Quân đội Giải phóng của Maroc gần như đã đánh đuổi được người Tây Ban Nha ra khỏi đất nước trong Chiến tranh Ifni. Người Tây Ban Nha chỉ có thể tái lập được quyền thống trị với sự hỗ trợ của Pháp vào năm 1958, và bắt tay vào một chiến thuật cứng rắn để trả thù hướng về vùng nông thôn, dùng vũ lực buộc định cư nhiều người du cư trước đây của Sahara thuộc Tây Ban Nha và tăng cường đô thị hóa, trong khi nhiều người khác bị buộc đi đày đến Maroc. Trong cùng năm đó, Tây Ban Nha trả tỉnh Tarfaya và Tantan cho Maroc.

Vào thập niên 1960, Maroc tiếp tục tuyên bố chủ quyền ở Sahara thuộc Tây Ban Nha và thành công trong việc liệt vùng đất này vào danh sách các vùng lãnh thổ cần phải phá bỏ chế độ thuộc địa. Vào năm 1969, Tây Ban Nha trả cho Maroc cùng Ifni, điều này sẽ duy trì sự quản lý của Tây Ban Nha đối với Sahara thuộc Tây Ban Nha.

Vào năm 1967, sự thuộc địa hóa của Tây Ban Nha lại bị thách thức lần nữa bởi một phong trào phản kháng ôn hòa, Harakat Tahrir, yêu cầu kết thúc sự chiếm đóng. Sau sự đàn áp bạo lực vào năm 1970 Zemla Intifada, chủ nghĩa quốc gia Sahrawi quay trở về nguồn gốc quân sự của nó, với việc thành lập Mặt trận Polisari vào năm 1970. Các du kích của Mặt trận phát triển nhanh chóng, và Tây Ban Nha đã mất đi sự kiểm soát hiệu quả ở vùng nông thôn vào đầu năm 1975. Một nỗ lực phá hoại sức mạnh của Polisario bằng cách tạo ra đối thủ chính trị hiện đại với nó, Partido de Unión Nacional Saharaui (PUNS), đã có ít thành công.

Tây Ban Nha tiếp tục kết nạp những thủ lĩnh bộ lạc bằng cách lập nên Djema'a, một cơ quan chính trị dựa rất thấp lên sự lãnh đạo của bộ lạc Sahrawi.

Tuy nhiên, ngay trước cái chết của độc tài người Tây Ban Nha Francisco Franco vào mùa đông năm 1975, Tây Ban Nha phải đương đầu với một chiến dịch đòi lãnh thổ mạnh mẽ của Maroc, và sự mở rộng ít hơn của Mauritanie, nổi lên tột cùng trong Diễu hành Xanh. Tây Ban Nha khi đó đã rút quân đội và người định cư của mình ra khỏi lãnh thổ, sau khi đàm phán vào năm 1975, một thỏa thuận tay ba với Maroc và Mauritania, từ đó cả hai nước sẽ cùng điều hành khu vực này. Mauritania sau đó rút lại lời tuyên bố sau khi đánh nhau thất bại với Polisario. Maroc liên hệ đến cuộc chiến với Mặt trận Polisario do Algeria chống lưng, mặc dù một lệnh ngừng bắn đã được đưa ra vào năm 1991, và lãnh thổ vẫn nằm trong sự tranh chấp.